一般的には、等価交換というと、土地所有者が自己所有地の一部を提供し、上にマンション等を建てる事業とお考えのことと思います。土地の一部を提供し、同額に相当する建物の一部を取得するのが基本なので、等価交換事業という呼び方が通用しています。デベロッパーとの共同事業という意味合いもあります。
これとは別に、土地と土地(あるいはその権利)を交換するというケースもあります。こちらは、共有不動産の持分と、他の不動産を交換する、あるいは借地権者と底地権者で持分等を交換する、といった場合に検討されもので、一定の要件を満たせば譲渡にかかる所得税を負担せずに済みます(正確には、固定資産の交換の特例といい、課税が繰り延べられます。また、取得税はかかります)。
特例を受けるための適用要件は以下の通りです(国税庁HPタックスアンサーより)
(1) 交換により譲渡する資産及び取得する資産は、いずれも固定資産であること。
不動産業者などが販売のために所有している土地などの資産(棚卸資産)は、特例の対象になりません。
(2) 交換により譲渡する資産及び取得する資産は、いずれも土地と土地、建物と建物のように互いに同じ種類の資産であること。
この場合、借地権は土地の種類に含まれ、建物に附属する設備及び構築物は建物の種類に含まれます。
(3) 交換により譲渡する資産は、1年以上所有していたものであること。
(4) 交換により取得する資産は、交換の相手が1年以上所有していたものであり、かつ交換のために取得したものでないこと。
(5) 交換により取得する資産を、譲渡する資産の交換直前の用途と同じ用途に使用すること。
(6) 交換により譲渡する資産の時価と取得する資産の時価との差額が、これらの時価のうちいずれか高い方の価額の20%以内であること。
(注意事項)
(1) この特例が受けられる場合でも、交換に伴って相手方から金銭などの交換差金を受け取ったときは、その交換差金が所得税の課税対象になります。
(2) この特例を受けるためには、確定申告書に所定の事項を記載の上、譲渡所得の内訳書(確定申告書付表兼計算明細書)[土地・建物用]を添付して提出する必要があります。
不動産の権利関係を整理しようと思っても、単純な共有状態の解消でも税金の問題は大きな負担となります。この特例が利用できるかどうかは、是非とも検討してみる価値があると思います。